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严谨的科研工作之“内参选择的重要性和原则”
2018-08-24    来源:整理于网络

Western Blot做的顺利的时候很简单,可不顺的时候也很令人心烦,比如:

做不出结果、假阳性、结果出现多条带、一抗/二抗谁有问题傻傻分不清楚……

 

怎么办?

 

其实,作为有活性的生物大分子,抗体和抗原的反应不象1+1那么明确,确实是有一定的不确定性的。所以,严谨的 Western Blot实验设计中要求有良好的参照体系,对实验结果分析是非常有用。特别是当实验出现问题时,借助参照体系很容易就可以查出问题所在,而不必抓耳挠腮怨天尤人。

 

良好的参照体系通常包括:

分子量marker(用来确定蛋白条带对应的分子量大小);

空白载体对照(如果是诱导表达体系还应该有诱导前的对照);

已知量标准产物的正对照;

 

内参。


今天就跟大家一起谈谈内参选择的重要性和注意事项~

 

1. 内参的重要性:

 

内参即是内部参照(Internal Control)对于小伙伴们研究的比较多的哺乳动物细胞,我们内参一般是指由管家基因编码表达的蛋白(Housekeeping Proteins),它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物。

 

在Western Blot实验中,除了需要进行蛋白抽提、蛋白定量、等量蛋白上样电泳、转膜、靶蛋白抗体孵育、显色等步骤以外,还需要进行内参的检测,以校正蛋白质定量、上样过程中存在的实验误差,保证实验结果的准确性。

 

2. 如何选择合适的细胞核内参抗体?

 

常用的细胞总蛋白质内参:

 

GAPDH和细胞骨架蛋白β-Actinβ-Tubulin等;

 

对于一些植物的样本,则需要特别的植物Actin蛋白作为内参;

 

当实验样品中只是核蛋白,而不是细胞总蛋白提取液时,可以用:

 

组蛋白H(Histone H)或者增殖细胞核抗原(PCNA)等为核内参抗体

其它常见的核蛋白内参:K70, K80, Lamin A和B,在一些文献报道中,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。

但是需要注意的问题是核蛋白内参的选择需要考虑实际的试验环境,比如在涉及细胞增殖相关试验中,c-Jun由于自身表达变化就不适合做内参;而在凋亡实验时,TBP、Lamin等也不适合作为内参。

 另外,小伙伴们还需要根据目的蛋白的大小选择合适的核内参,翠花推荐内参要与检测的目的蛋白的分子量最好相差5KD以上,因此你需要根据你目的检测蛋白的分子量来选择合适的内参。

 

3. 各内参蛋白大小:

 

GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)是参与糖酵解的一种关键酶,由4个30-40kDa的亚基组成,分子量146kDa,检测条带大约在37kDa;

beta-actin大约在42kDa;

 

beta-tubulin检测条带在55kDa左右,该内参抗体不是很适合用于检测50kD-60kD大小目标蛋白的WB实验中;

PCNA的检测分子量大约在28kDa,而Histone H3的检测条带大约在18kDa,因此PCNA比较适合用于检测目标蛋白在较大的WB实验,而Histone H3则不适合用于13kD-23kD大小的目的蛋白内参。另外,虽然PCNA是最合适的核内参抗体之一,但是在某些条件下,一些影响增殖的因素会导致样品间PCNA含量的变化,就不适合作为内参。

4. 内参WB图举例:

image.png

Migliaccio et al. B-cell receptor-guided delivery of peptide-siRNA complex for B-cell lymphoma therapy. Cancer Cell International (2015) 15:50

 


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