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以pEGFP-C1图谱为例,我们在Addgene/Snapgene等网站获取载体序列信息,其中有两大类,一类是序列文件,不过序列文件有弊端是不能直观表现载体元件信息,另外一类是图谱文件,虽然无法编辑不可知位点序列,但是比序列文件的可视化要强很多。所以今天介绍两种如何将序列文件转化成图谱文件的方法给大家。
序列文件不能直观表现载体元件信息。
首先打开DNAMAN软件,选择新建,在新弹出来的对话框中输入序列,同时进行选定;然后再点击通道,在选择菜单栏中的序列加载序列,从选择中进行序列加载,就可以将序列导入到通道中!
点击菜单栏中的酶切位点分析。
再在弹出的页面中进行设置,绘制一个载体图谱中有2个必选项,其中一个是绘制限制图谱,另外一个是设定DNA为环状,这样显示出的就是一个环状的带有酶切位点标记的图谱。
在其他选项中,包括显示剪接、列出酶切位点……再点击下一步。
最后生成图谱,其中上方是酶切位点谱图,下面是序列显示,其中具体在什么位置上,可以用酶将它切开。
双击图谱,添加元件,点击菜单栏第二项,最后点击New,即是添加一个元件。
设置添加元件的显示类型、位置、图例,最后点击OK,这里我们添加了2个元件。
添加完成后,可以看到图谱中,除了酶切位点后,还有我们添加的元件,点击右侧菜单,调整谱图中心位点位置,然后拉动图谱缩放,使字体不再重叠。
打开SnapGene软件,然后新建一个DNA文件或者打开导入序列文件。
选择DNA是否为环状DNA,重命名,加载常见元件,点击下一步。
进入下一步后,会弹出SnapGene自动识别常见结构元件结果,我们再将12个识别的结果全部加入。
最后得到图谱文件,如果您对图谱文件不满意,可以点击菜单栏中的酶,筛选自己需要显示的酶,调整酶。
如果需要调整元件,可以点击菜单栏中的元件进行更改,这个环节可根据个人需求进行调整,其中包括添加、编辑以及对已经有的元件进行删除……
完成载体图谱后,我们该如何去识别一个载体图谱呢?
⑤ori元件:负责复制质粒需要的元件。
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