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载体构建:如何将序列文件转化成图谱文件?
2020-03-26    来源:ZSCI公众号

ZSCI

以pEGFP-C1图谱为例,我们在Addgene/Snapgene等网站获取载体序列信息,其中有两大类,一类是序列文件,不过序列文件有弊端是不能直观表现载体元件信息,另外一类是图谱文件,虽然无法编辑不可知位点序列,但是比序列文件的可视化要强很多。所以今天介绍两种如何将序列文件转化成图谱文件的方法给大家。



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一、序列文件与图谱文件的区别


序列文件不能直观表现载体元件信息。


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图谱无法编辑不可知位点序列。

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二、将序列文件转化成图谱文件

1、DNAMAN方法绘制图谱


首先打开DNAMAN软件,选择新建,在新弹出来的对话框中输入序列,同时进行选定;然后再点击通道,在选择菜单栏中的序列加载序列,从选择中进行序列加载,就可以将序列导入到通道中!


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点击菜单栏中的酶切位点分析。


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再在弹出的页面中进行设置,绘制一个载体图谱中有2个必选项,其中一个是绘制限制图谱,另外一个是设定DNA为环状,这样显示出的就是一个环状的带有酶切位点标记的图谱。

在其他选项中,包括显示剪接、列出酶切位点……再点击下一步。


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这个是提示我们应该选择那些酶,筛选需要使用的酶,然后点击完成。

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最后生成图谱,其中上方是酶切位点谱图,下面是序列显示,其中具体在什么位置上,可以用酶将它切开。


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双击图谱,添加元件,点击菜单栏第二项,最后点击New,即是添加一个元件。


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设置添加元件的显示类型、位置、图例,最后点击OK,这里我们添加了2个元件。


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添加完成后,可以看到图谱中,除了酶切位点后,还有我们添加的元件,点击右侧菜单,调整谱图中心位点位置,然后拉动图谱缩放,使字体不再重叠。


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2、SnapGene绘制图谱


打开SnapGene软件,然后新建一个DNA文件或者打开导入序列文件。


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选择DNA是否为环状DNA,重命名,加载常见元件,点击下一步。


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进入下一步后,会弹出SnapGene自动识别常见结构元件结果,我们再将12个识别的结果全部加入。


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最后得到图谱文件,如果您对图谱文件不满意,可以点击菜单栏中的酶,筛选自己需要显示的酶,调整酶。


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如果需要调整元件,可以点击菜单栏中的元件进行更改,这个环节可根据个人需求进行调整,其中包括添加、编辑以及对已经有的元件进行删除……


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三、如何正确识别载体图谱


完成载体图谱后,我们该如何去识别一个载体图谱呢?


我们需要关注的有5大内容:
①MCS:MCS中有需要关注的重要酶切位点信息;
②融合标签:顺着MCS往上找,可以找到融合标签,融合标签为了转化后检测目的蛋白是否完整插入的一个标签序列;
③启动子方向:顺着融合标签往上找,可以找到启动子方向,注意需要重点关注的是,启动子的都启动方向,因为它会决定我们插入片段最后的方向和翻译的蛋白质;
④筛选抗性标签:这个标签决定转化质粒之后,以什么类型的抗生素,去筛选阳性克隆子;


⑤ori元件:负责复制质粒需要的元件。


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